2004년 ‘국가균형발전특별법’ 제정에 따라 시작한 국가균형발전계 획은 공공기관의 지방 이전을 발전 전략의 핵심 축으로 활용하였다. 2005년 국가균형발전위원회는 공공기관이 이전하는 입지를 기존 도시를 활용하는 혁신지구형과 새로 건설하는 혁신도시형으로 구분하였고, 그해 10개의 혁신도시 입지를 결정하였다. 2006년 6개(강원, 충북, 경북, 경남, 광주전남, 전북)의 혁신도시를 위한 개발 지구가 택지개발촉진법에 따라 지정되었고, 광역자치단체였던 대구와 울산 혁신도시는 기존 개발 지구를 활용하는 것으로 추진되었다. 이후 2007년 혁신도시법이 제정됨에 따라 10개의 혁신도시 사업이 본격화되었다.

 

지방 분권과 균형 발전을 위한 혁신도시 건설은 계획의 초기부터 그 취지에 맞게 중앙과 지방정부의 합의에 따라 진행되었다. 2005년 5월 27일 ‘혁신도시 건설 관련 정부-지방 간 기본 협약’이 체결되었고, 시 · 도별 입지선정위원회도 구성 운영되었다. 또한 혁신도시법은 국가기관, 지방자치단체, 정부투자기관, 지방공기업이 혁신도시개발 예정지구 지정을 제안할 수 있도록 하였고, 혁신도시위원회 또한 정부부처 위원뿐만 아니라 지자체 부시장 등 지방정부의 참여도 허용하였다. 이렇게 중앙정부와 지방정부의 협의를 통해 진행한 혁신도시는 공공기관이전계획, 도시건설계획, 도시 건설 후의 지역 발전 단계까지 함께 고려한 최초의 지역 발전 계획이었다.

2010년대 공공기관 이전이 끝난 후 시작된 혁신도시 시즌2는 제4 차 국가균형발전계획의 한 축을 담당하면서 기존 혁신도시가 마련한 기반 시설 건설과 정주 환경 개선을 지역의 산업 생태계와 결합하고자 하는 새로운 지역 발전 패러다임이었다. 혁신도시를 포괄하는 지역의 산업 정책이 가진 산업 발전 전략과 연계하여 혁신도시 특화 발전 전략을 수립하였고, 이를 토대로 정부는 2018년 혁신도시종합발 전계획을 채택하였다.