우리나라에는 총 17목 39과 220여 종의 담수어류가 발견되어 기록되어 있으며, 환경부 지정 멸종위기 야생생물 Ⅰ급 종은 감돌고기, 꼬치동자개, 남방동사리, 미호종개, 얼룩새코미꾸리, 여울마자, 임실납자루, 퉁사리, 흰수마자 등 9종이다. Ⅱ급종은 가는돌고기, 가시고기, 꺽저기, 꾸구리, 다묵장어, 돌상어, 묵납자루, 백조어, 버들가지, 부안종개, 열목어 등 16종이다.
  한국 고유종은 각시붕어, 큰줄납자루, 참중고기, 점몰개, 어름치, 참갈겨니, 왕종개, 남방종개, 동방종개, 북방종개, 눈동자개, 미유기, 잔가시고기, 동사리, 꺽지 등 63종으로 약 28%를 차지하고 있다.

  저서성 대형무척추동물은 육안으로 식별이 가능한 척추 없는 동물을 통칭하며, 편형동물문, 유선형동물문, 연체동물문, 환형동물문, 절지동물문등을 대상으로 한다. 특히, 절지동물문이 70% 이상 차지하고 있으며, 그 중에서 하루살이 및 잠자리 등과 같은 수서 곤충류의 종 수와 개체 수가 가장 풍부하다.
  한국의 담수에 서식하는 저서성 대형무척추동물은 총 7문 13강 37목 146과 749종이며, 한반도 고유종의 경우는 총 95종이다. 이들 무척추동물 중에서 환경부가 지정한 멸종위기종 Ⅰ급은 귀이빨대칭이, 나팔고둥, 남방방게, 두드럭조개 등 4종이며, Ⅱ급은 갯게, 검붉은수지맨드라미, 진홍나팔돌산호, 기수갈고둥 등 31종이다.