현재의 을숙도는 낙동강 하굿둑 건설 공사를 하면서 따로 떨어져 있던 상단부의 일울도와 하단부의 을숙도가 합쳐지면서 형성되었다. 많은 철새가 도래하여 1966년 7월 13일 천연기념물 179호(낙동강 하류 철새 도래지)로 지정되었다. 대부분 저습지로 홍수 때는 수몰 위험이 커서 사람들이 많이 살지 않았으나 윤중제가 축조되고 경지 정리 사업이 진행되면서 많은 주민이 입도함으로써 부산의 원예 작물 공급지가 되기도 하였다. 1987년 4월 낙동강 하굿둑 완공으로 섬 전역이 공원화되었고, 사람들의 발길이 많아지자 갈대밭이 훼손되고 철새가 줄어드는 등 생태계 파괴가 가속화되었다. 이에 부산시는 을숙도 개발 계획을 백지화하고 일대를 핵심 보전 구역으로 지정하여 1999년부터 2005년까지 약 6년에 걸쳐 생태계 복원 사업을 추진하여 생태 공원으로 조성하였다.