환경부에서는 「자연환경 보전법」 제30조에 따라 5년 단위로 전국 규모의 자연환경 조사를 실시하고 있다. 1986년 제1차 전국 자연환경 조사가 시작되어 2020년 현재 제5차 전국 자연환경 조사가 진행되고 있다. 제3차 전국 자연환경 조사부터 지형과 식생, 식물, 저서성 대형 무척추동물, 양서 〮파충류, 어류, 육상 곤충, 조류, 포유류의 9개 분야로 나누어 조사하였다. 전국 자연환경 조사의 결과물은 2000년부터 진행 중인 ‘자연환경 종합 GIS-DB 구축 사업’을 통하여 지리정보로 구축하고 있다. 결과물로는 지형 현황도, 현존 식생도, 동식물 분포도 등 분야별 주제도와 이들을 활용해 만든 자연환경 종합 평가 도면인 생태 〮자연도가 있다.